Благодаря договору, заключенному с эмиониками, ИИЗ далеко продвинулась в области исследования аномалий, однако Москва подбрасывает новые сюрпризы. Происходит неожиданное локальное расширение Зоны на восток, которое с огромным трудом удается подавить объединенными силами людей и эмиоников, и ее угнетение на западе.
В периметре возникают «островки» незараженной территории. ИИЗ совместно с ЦАЯ, а также сталкерами Вороном и Денисом пытаются понять их природу и постепенно приходят к выводу, что виной не естественные процессы, а чья-то злая воля.
