В «АльтернативА» версии 1.3.2 добавлена новая глобальная сюжетная линия, посвященная главному герою, которая получила две новые концовки. Продвигаясь по сюжетной линии, ГГ будет меняться, а в какую - лучшую или худшую сторону, будет решать игрок. Дополнены некоторые уже существующие квесты. Новая сюжетная линия адаптирована для прохождения за сталкера, её нет в прохождении за военного.

Изменения коснулись геймплейной составляющей мода, и это будет заметно с первых секунд прохождения. Сны главного героя, видеоролики, заменены кат-сценами чередующиеся с геймплеем. Теперь сны содержат другую информацию, которая заставит игрока по-другому взглянуть на уже знакомый сюжет Альтернативы.

Серьёзным изменениям подверглись уже существующие локации: «Предзонье», военная лаборатория на «Генераторах», «Трюм», подземелье «Агропрома», «Тёмная лощина». Так же были сделаны незначительные, но заметные изменения под новую сюжетную линию на других локациях. Добавлены четыре новых локации, в версии 1.3.2 пока задействованы две.

В Альтернативу версии 1.3.2 добавлены:
• Два скрытых достижения.
• Один секретный квест.
• Правильная концовка.